Ninja Assassin ติดตามไรโซ่ (เรน) หนึ่งในบรรดานักฆ่ามือพระรอยดำของโลก เขาถูกจับตัวไปตั้งแต่ยังเด็ก และก็ถูกทำให้แปลงเป็นนักฆ่ามือโปรโดย โอซูนุ แคลุกลี้ลุกลน กับกรุ๊ปลับที่เช้าใจกันว่ามีเพียงในเรื่องสืบๆกันมา แม้กระนั้นเขาถูกหลอนด้วยการที่แคลุกลี้ลุกลนฆ่าสหายของเขาอย่างโหดเหี้ยม ไรโซ่ก็เลยหนีพวกเขาไปสู่อิสรภาพและก็ล่องหนไป ในขณะนี้เขารอคอย และก็เตรียมที่จะลงมือแก้เผ็ด
ในเบอร์ลิน สปายยูโรโพล มิค่า คอเรตตำหนิ (ท้องนาโอมี แฮร์ริส) สะดุดเข้ากับร่องรอยของเงินที่โยงการฆาตกรรมทางการเมืองเข้ากับเครือข่ายใต้ดินของพวกมือสังหารที่ไม่มีร่องรอยจากตะวันออกไกล มิค่าท้าทายคำสั่งของไรอัน แมสโลว์ (เบน ไมล์ส) ซึ่งเป็นหัวหน้า เธอขุดลึกลงไปในแฟ้มลับสุดยอดเพื่อได้ทราบถึงข้อเท็จจริงเบื้องหลังการฆาตกรรม การสอบปากคำที่ทำให้เธอกลายเป็นเป้าหมาย และก็โอซูนุ แคลุกลี้ลุกลนส่งกลุ่มนักฆ่า ซึ่งนำโดยทาเคชิ (ริค ยูน) มาเพื่อปิดปากเธอตลอดไป ไรโซ่ช่วยมิค่าจากบรรดาผู้ปองร้าย แม้กระนั้นเขารู้ว่าแคลุกลี้ลุกลนจะไม่มีวันอยู่กับที่จนกว่าเขาทั้งสองจะถูกกำจัด ด้วยชีวิตที่แขวนอยู่กับเกมแมวไล่หนูตามถนนหนทางของยุโรป ไรโซ่และก็มิค่าจำเป็นจะต้องเชื่อใจกันและกันถ้ายังหวังจะเอาชีวิตรอด …และก็ล้มโอซูนุ แคลุกลี้ลุกลนผู้ลึกลับลงให้สำเร็จ
